本期我们将深入解析尊龙凯时的CRISPR/Cas系统编辑效率验证技术,助力各位科研同仁顺利完成基因编辑实验的最终确认!基因编辑效率简单来说,就是成功编辑目标基因的细胞或样本占总细胞或样本的比例。这一比例直接体现了基因编辑工具的有效性,无论是在科研探索,还是在基因治疗及生物制药等实际应用中,精准验证基因编辑效率都是至关重要的环节。
当前市场上最基础的基因编辑检测工具之一是T7核酸酶I(T7Endonuclease I),它就像一位敏锐的“侦察兵”,作为核酸内切酶,能够特异性识别并切割不完全配对的DNA序列(non-perfectly matched DNA)。该酶常用于ZFNs、TALENs及CRISPR/Cas9等导致的基因突变鉴定。若通过基因编辑技术成功获得插入或缺失的突变基因序列,当基因编辑后的DNA与野生型DNA结合、变性后复性时,野生型DNA单链与基因编辑后的单链会形成错配的异源双链DNA结构。此时,添加T7核酸核酸酶I即可特异性识别错配的DNA并在错配区域进行切割。通过琼脂糖凝胶电泳,可以清晰显示酶切后的条带,从而确认基因编辑效率的有效性。
尊龙凯时的T7Endonuclease I(Cat No: M017)能够有效检测由ZFNs、TALENs、CRISPR/Cas9等引起的基因突变,具有高切割效率,是基因编辑检测的理想选择!
有效切割电转后的突变体
通过电转方式将不同的Cas9/sgRNA复合物递送至293T细胞,48小时后收集细胞并提取基因组DNA。使用T7EI(Cat#M017)检测结果显示,在相同条件下,尊龙凯时的Cas9蛋白切割效率优于其他同类品牌,进一步证明了T7EI在检测基因编辑效率方面的有效性。
实验步骤如下:
- 转染后的细胞培养48~72小时;
- 收集细胞,提取细胞的基因组(突变体DNA);
- 使用高保真PCR(2×FastPfuMasterMix(QuickLoad),Cat No: E035),以突变体DNA和野生型DNA为模板,扩增靶基因编辑区域;需注意突变位点应避开片段中间,便于区分切割后的条带。
- 变性退火PCR产物反应体系,PCR结束后,在产物中加入0.5μl T7EI酶,37℃保温15-30分钟,随后加入DNA loading buffer终止反应,混匀后在65℃保温10分钟,通过琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果。
在基因编辑过程中,靶基因引入插入或缺失后,直接提取基因组DNA以扩增靶基因附近片段,通过PCR一代测序法鉴定。如果在被编辑位点检测到双峰或杂峰,则表明产生了有效的基因编辑。
尊龙凯时提供多种适配NGS测序的通用型接头供选择。质谱分析法的核心在于测定生物分子的质荷比,以分析其结构。在基因编辑检测时,先提取基因编辑后的细胞或组织样本中的蛋白质,再经过纯化和酶解处理成肽段混合物。通过电喷雾离子化(ESI)或基质辅助激光解吸离子化(MALDI)等方式,将肽段转化为气态离子。离子在质量分析器中受到电场和磁场的分离,不同质荷比的离子通过飞行时间确定其质荷比,最终形成质谱图,对比数据库中已知蛋白质质谱图,可以推测蛋白质的氨基酸序列。由于基因编辑改变了蛋白质的编码序列和一级结构,质谱图的变化可间接反映基因编辑对蛋白质的影响,评估其效果。
流式细胞术是一种基于细胞光学特性与荧光标记的检测技术。当基因编辑后的细胞样本制成单细胞悬液后,细胞在压力驱动下依次与激光束相遇,细胞受激光激发产生荧光,并伴随散射光。前向散射光与细胞大小相关,侧向散射光则与细胞内部结构复杂度相关。如果基因编辑使细胞表达特定标记蛋白,标记抗体与目标蛋白结合后,细胞将携带荧光信号。光学系统收集这些荧光和散射光信号,通过检测器转换为电信号,并对信号进行分析,如绘制荧光强度与细胞数量的直方图等,以计算基因编辑成功表达目标蛋白的细胞比例,达到对细胞群体的多参数、定量分析。
在下期内容中,我们将聚焦基因编辑实验操作过程中的脱靶问题解决方案,提供从优化编辑工具到调整实验条件的详细指导,助你提升基因编辑实验的成功率!请持续关注,携手尊龙凯时在基因编辑的道路上披荆斩棘!
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